El profesor Alfonso Muga, asumió la Rectoría en 1998, cargo que ocupó en tres periodos hasta 2010. Todas las funciones que enfrentó en la casa de estudios fueron determinantes en el desarrollo y la consolidación de la institución, transformándola en una universidad compleja y de calidad; posicionando a la Universidad como una de las mejores del país.
Entre las primeras medidas adoptadas por el rector Muga se incluyen las reformas estructurales con el fin de flexibilizar el sistema académico como también generar mecanismos apropiados a las nuevas demandas del contexto de la educación superior. Se creó la Comisión de Desarrollo del Consejo Superior, que fijó las bases y procedimientos para la futura planificación estratégica de la Universidad como también de las Unidades Académicas.
Durante su gestión se creó la Vicerrectoría de Investigación y Estudios Avanzados, que nació de la Vicerrectoría Académica que después se denominó Vicerrectoría de Asuntos Docentes y Estudiantiles, encargada del ámbito del pregrado.
Durante su Rectorado, se dio un impulso decidido a la planificación estratégica y se implementaron procesos de aseguramiento de la calidad y de evaluación externa, tanto a nivel institucional como de las carreras, cuando todavía no era obligatorio. Se profundizó la internacionalización y la inserción de la PUCV en redes universitarias de alcance global, se crearon nuevos programas de doctorado, tanto de forma independiente como en colaboración con otras instituciones y se puso en marcha el programa de recambio generacional y la normativa que regula el acceso y la conclusión de la carrera académica.
En 2003, la Universidad recibió el grado de “Pontificia”, ocasión que coincidió con los 75 años de historia. Esta noticia fue comunicada en la Casa Central por el cardenal Zenon Grocholewsky, prefecto de la Congregación para la Educación Católica del Vaticano.
Durante la administración del rector Muga se impulsaron los programas de movilidad internacional que comenzaron en 1989 para atraer a más estudiantes extranjeros. Se implementó el navegador académico y en su tercer periodo se adquirió el terreno que después acogería al Campus Curauma.
Para el año 2004, de las 99 carreras acreditadas en el país, 17 pertenecían a la PUCV convirtiéndose en la institución universitaria nacional con más carreras acreditadas. En 2005, la Universidad fue acreditada por cinco años en los ámbitos de docencia, investigación, postgrado y gestión institucional.
Uno de los procesos que se intensificó en las administraciones del rector Muga fue el recambio generacional y una transformación cultural dentro de la Universidad. Gran parte de la planta académica se había formado en la misma Universidad. Posteriormente, los profesores y profesoras que fueron llegando a la Universidad se especializaban fuera de Chile y también comenzaron a llegar académicos extranjeros. En 2008, recibió el Premio Nacional de Historia, el profesor Eduardo Cavieres.
Como legado del rector Muga se destacan los avances en una cultura del aseguramiento de la calidad en los procesos formativos y el desarrollo de una serie de cambios curriculares que procuran acentuar el logro de ciertas competencias. A partir de la acreditación de los programas de doctorado, de los cuales nueve de 10 estaban acreditados.
En 2009, se inauguró el Campus Curauma que la Universidad había adquirido en 2003. En un comienzo partió sólo con la Facultad de Ciencias y posteriormente se sumaron los institutos de Fïsica, Química, la Escuela de Periodismo y después el Instituto de Biología. El rectorado de Muga coincidió con un periodo muy demandante por la dinámica que experimentó el quehacer universitario presionado por las nuevas políticas públicas y una serie de cambios culturales.
